Evangelion 3.0+1.01, proposta nelle sale col nuovo doppiaggio, ci racconta dell’organizzazione anti-Nerv Wille, guidata da Misato, che arriva nella città vecchia di Parigi, una città ormai rossa a causa della nucleizzazione. L’equipaggio della nave AAA Wunder atterra su un pilastro di contenimento e ha solo 720 secondi di tempo per ripristinare la città. L’Unità-08 di Mari si prepara a intercettare una colonia di Eva della Nerv. Nel frattempo, Shinji, Asuka e Rei vagano per il Giappone.