l film vede Thomas Anderson aka Neo (Keanu Reeves) di nuovo nel mondo reale, ma tormentato da sogni e visioni a cui non riesce a dare un senso e che racconta al suo analista (Neil Patrick Harris), temendo di essere diventato pazzo. Nonostante sembri non ricordare molto di quanto accadutogli in precedenza, tanto da incontrare Trinity (Carrie-Anne Moss) e non riconoscerla, il signor Anderson sembra accorgersi di come le persone siano vittime della tecnologia e ancorate ai loro telefoni come un prolungamento di se stessi. Ma le visioni e la sua curiosità non permettono a questo uomo di capire che si trova incastrato in una falsa realtà, perché ogni giorno – per ragioni mediche – assume una pillola blu, che gli impedisce di “aprire la mente”. L’incontro con alcuni personaggi interessanti e la sospensione dell’assunzione della pillola, inizieranno a riportare Neo alla consapevolezza che ciò che lo circonda non è quel che sembra. Una volta che il vecchio Neo riesce a riprendere coscienza di sé e del programma Matrix, ci appare pronto a spingersi ancora più in profondità nella tana del Bianconiglio…