Lo scienziato Baxter Stockman, scheggia impazzita della misteriosa società TCRI, ha condotto esperimenti di mutazione su varie specie animali. Dopo l’esplosione del suo laboratorio, il fluido di mutazione si diffonde nelle fogne di New York, provocando effetti irreversibili su topi e tartarughe. Nascono così Leonardo, Donatello, Raffaello e Michelangelo, addestrati dal loro “papà” adottivo, il topo mutato Splinter, a divenire guerrieri ninja. Quando sono in età adolescenziale, le fogne cominciano a star loro strette e così le tartarughe tentano di integrarsi nella società degli uomini. Questi ultimi tuttavia sono terrorizzati e disgustati appena li scorgono, finché non conoscono la giornalista April, che vorrebbe coinvolgerli in un piano per sgominare SuperFly, una mosca super-intelligente e bipede che minaccia New York.